Оставлю небольшую заметку по этому поводу, потому как все время вылетает из головы. Чтобы сделать вывод результата любой команды MySQL в файл, можно воспользоваться параметром PAGER.

Последовательность действий такова:

mysql> pager cat > /tmp/output.txt;
mysql> show variables;

Чтобы вернуть вывод на экран:

mysql> nopager;